下沉式玻璃隔断不通顶时，可以采取以下几种处理方法。第一，可以重新进行施工，对隔断进行重新调整，以确保顶部和墙面之间有足够的间隔。第二，可以使用填补材料或填缝剂进行填补，将顶部和墙面之间的缝隙填满或者使用胶水黏合。第三，可以进行维修，使用特定的工具和设备将顶部拆掉，重新安装到正确的位置上。不论采取哪种方法，都需要考虑安全和效果，在处理过程中遵循相应的规定和标准。