可能需要承担责任。

原因是，第三方代付机构在向农村商业银行提供代付服务时，应当确保代付的资金来源合法，并且应当严格审核代付对象及其资质。

如果代付机构在审核不足或未能听取受益人的意见而导致代付的资金出现问题，则可能要承担相应的责任。

另外，根据《中华人民共和国合同法》的规定，代付机构与农村商业银行的合同中，涉及到代付责任和违约责任需要明确，如果合同中未涉及或合同中约定不明确，则依法需要代付机构承担相应的风险和责任。

因此，代付机构在执行代付业务时，应当审慎选择代付对象、验证代付资金来源，避免出现不当资金使用等问题，以免因此承担相应的责任。