修改员工缴费基数需要遵循以下步骤：

1. 了解相关政策：首先，了解我国关于社会保险、住房公积金等缴费基数的政策规定，确保修改符合法律法规要求。

2. 收集员工意见：征求员工对修改缴费基数的意见，了解员工的需求和期望，以确保调整方案的合理性。

3. 制定调整方案：根据相关政策、员工意见等，制定合理的缴费基数调整方案，包括调整幅度、调整时间等。

4. 提交审批：将调整方案提交给公司领导或相关部门审批，确保方案符合公司规定。

5. 通知员工：在获得审批通过后，及时通知员工关于缴费基数的修改事项，包括调整时间、幅度等，让员工了解并做好准备。

6. 修改系统设置：根据审批通过的调整方案，及时修改相关 payroll 系统或 HR 管理软件的缴费基数设置，确保系统数据与新的缴费基数保持一致。

7. 落实监督：在实施过程中，加强监督，确保缴费基数的修改得到准确执行。

8. 及时解答疑问：针对员工可能出现的疑问，及时解答并提供相关政策措施的解释，确保员工理解和支持。

9. 跟进反馈：在实施过程中，关注员工的反馈意见，对出现的问题及时进行调整和优化。

10. 定期评估：对缴费基数的调整效果进行定期评估，根据实际情况对方案进行调整，确保缴费基数合理、公平、透明。

需要注意的是，修改员工缴费基数时要充分考虑员工的实际利益，遵循合规、公平、合理的原则，确保调整方案得到员工的支持和认同。同时，企业要严格遵守相关政策法规，确保缴费过程的合规性。