有以下专业：

城市学社会学、公共政策文学、数据科学理学、金融工程理学、生物信息学理学、会计理学、经济学理学等11个授课型研究生专业和1个采用中文授课的兼读专业。

港中深开设的硕士专业，除上述以外，还包括数据科学博士、计算机科学博士、生物科学哲学硕士-博士、计算机与信息工程哲学硕士-博士、材料科学与工程哲学硕士-博士、数学哲学硕士-博士、能源科学与工程哲学硕士-博士、经济学哲学硕士-博士、全球研究哲学硕士-博士、应用心理学哲学硕士-博士、翻译哲学硕士-博士等11个研究型硕士-博士衔接专业。