不可以同时报考。

因为在高考报名系统中，按照规定每个考生只能提交一个志愿，而且复旦大学和复旦大学医学部都是属于复旦大学的不同学院，所以它们在高考志愿选择中被视为不同的招生单位。

因此，考生需要在两个单位中选择一个作为自己的第一志愿。

如果两个都选择，系统将仅仅选择先提交的一个志愿进行录取并排除掉后面一个志愿。

在高考报名时，考生需要认真选择志愿，根据自己的兴趣和能力进行选择，并且需要注意每个学校、每个专业的招生规则和录取方式，不能有所遗漏。

如果有特殊情况不能正常报名，可以在规定时间内向当地招生部门提出申请。