企业职工的平均缴费指数低于0.6可能是由于多种原因造成的，可能包括：

1. **地区缴费基数差异**：当职工的养老保险关系从缴费基数较低的地区转移到缴费基数较高的地区时，可能会出现平均缴费指数低于0.6的情况。这是因为不同地区的社会平均工资水平不同，导致缴费基数的计算存在差异。

2. **年度工资变化**：个人的缴费工资基数与上一年的社会平均工资相比可能会有所变化，因此每一年的缴费指数也会有所不同。如果某年的缴费基数低于社会平均工资的60%，那么那一年的缴费指数就会低于0.6。

3. **缴费档次选择**：灵活就业人员在参保时可能会选择不同的缴费档次，这些档次通常基于当地上年度的社会平均工资。如果选择的缴费档次较低，那么计算出的缴费指数也可能低于0.6。

4. **政策变动**：最低缴费基数的政策在不同年份可能有所不同，最早是允许40%（最低指数0.4），而最近几年规定最低不得低于社会平均工资的60%（最低指数0.6）。因此，如果职工在政策变动前的年份按照较低的缴费基数缴纳了社保，那么在计算平均缴费指数时可能会出现低于0.6的情况。

5. **计算方法**：退休养老金的计算公式包括基础养老金和个人账户养老金两部分构成。如果计算方法发生变化或者计算时使用的参数有误，也可能导致平均缴费指数低于0.6。