您可以在申报窗口期选择补税或在税局要求情况下主动配合进行补缴。

以目前日本国税厅的人力及方向情况来看，日本税务机构暂时不会进行主动查税。

还是比较建议您优先申请JCT的，因为可以保障不会受到发票新规和平台政策影响而导致店铺订单流失。

而且目前看来注册JCT，反而会提升以企业采购为目的的订单竞争力，符合店铺的利益。