如果要去厦鼓码头，应该从南门上船。因为厦鼓码头位于厦门岛的南部，乘船前往的话最接近的登船口是南门码头。南门码头有很多班次的船只往返于厦鼓码头和鼓浪屿之间，乘客可以方便快捷地到达目的地。此外，北门码头主要服务前往国内其他城市的大型轮船，没有前往厦鼓码头的航班。因此，前往厦鼓码头应该选择南门登船。