如果男方在没有结婚证的情况下孩子已经上户口，需要按照以下步骤进行：

准备相关证件：

婴儿的《出生医学证明》

双方的《居民户口簿》和《居民身份证》

如有，提供《结婚证》

婴儿母亲户口所在地计划生育部门开具的《征收社会抚养费收据》

缴纳社会抚养费：

如果需要，到计划生育部门缴纳社会抚养费，并取得收据。

提交申请：

个人书面申请

居(职、村)委会证明

出生医学证明

社会抚养费收据

公安机关办理：

经责任区民警调查核实后，填写书面调查报告并报所长审批。

户籍内勤将办理落户手续。

需要注意的是，虽然上户口不需要结婚证，但抚养子女是父母的法定义务。如果孩子由男方抚养，女方应支付相应的抚养费。如果孩子由女方抚养，男方也应负担抚养费。在离婚的情况下，子女抚养权的归属应根据子女的最佳利益和父母的具体情况来决定。如果协商不成，可以通过诉讼解决抚养权问题