南京公司实缴注册资金的申请注册流程如下：

1.准备申请材料：包括公司章程、股东会决议、营业执照等。

2.向工商局提交申请：携带申请材料到南京工商局办理注册资金实缴手续。

3.审核和登记：工商局对申请材料进行审核，符合要求的进行登记并颁发营业执照。

请注意，具体的申请流程和所需材料可能因地区、公司类型等因素有所不同，建议咨询当地工商局或相关机构。