水性马克笔安全。水性马克笔耐水性则较好，易于叠色使用不易被晕染。

其次两者耐光性不同，丙烯颜料耐光性相对较差。很容易快速干燥而无法修改，而水性马克笔的水性颜料耐光性较好，即使干掉只要湿润下就可继续着色