如果自建房吊完顶后高度为3米9，那么计算剩余的高度的方法是用建筑内部地面高度减去3米9。一般来说，内部地面高度在30~50厘米之间，也就是说，剩余的高度应该在2米50到1米90之间。需要注意的是，这个高度是不太适合正常人活动的，因为一般来说，标准的房间高度都在2米4以上。所以，如果需要在这个空间内活动，可能需要特别定制一些家具或者对空间进行一些调整。