施工单位比甲方算得高的原因有很多，其中最主要的原因是因为施工单位在施工前需要进行大量的前期准备工作，如现场勘测、设计制图、材料选购等等，这些都需要消耗一定的成本；同时，施工单位需要承担更多的责任和风险，如工程质量、安全管理等，因此在报价时会考虑到这些风险成本。

此外，施工单位需要维持自身运营成本和获得合理的利润，也是导致其报价相对较高的原因之一。