企业在环保检查中可能遇到的问题包括：排放超标、环保设施运行不当、环保资料不完善等。这些问题可能导致企业面临罚款、停产整改等严重后果。为应对这些问题，企业应采取以下对策：

一是加强环保意识，严格遵守环保法规；

二是加大环保投入，确保环保设施正常运行；

三是完善环保资料，做好日常记录；

四是加强与环保部门的沟通，及时解决问题。这些对策有助于企业降低环保风险，实现可持续发展。