水晶经过辐射后会发生色彩改变的原因是因为辐射能够让水晶晶格中的电子跃迁，从而改变其能级结构，这会导致水晶产生新的颜色。

例如，紫水晶在辐射下会变成黄色，并且接受较强的紫外线辐射能够加强这种效应。此外，高温、化学处理等因素也能够引起水晶颜色改变。但是，要注意的是，一些辐射处理的水晶可能会产生含放射性元素的残留物，因此购买水晶时需要谨慎，选择有安全保障的商家。