防水涂料针眼和气眼的处理方法如下：

在重点部位再次仔细刷涂防水涂料。

在重新施工前对基层进行充分润湿，待表面明水消失后再进行防水涂料的涂刷。

刷涂料时要足够细致，保证涂料的均匀度。

对有蜂窝麻面等缺陷的防水基层，先用水泥砂浆进行修补。

如果防水施工过程中出现针孔现象，一定要做好润湿基层的准备工作，这样后续上涂料就能避免该问题。