特殊慢性疾病证办理流程如下：

1、参保人持半年内疾病相关检查和住院相关材料到鉴定机构申请；

2、鉴定机构对符合条件患者开具特殊慢性病申请表；

3、病人或家属持申请表及医疗证、身份证等与确诊相关的辅助检查材料到县医保局业务大厅复审；

4、符合条件的患者，复审后即可办理特殊慢性病证，并纳入特殊慢性病种管理。