在WPS中输出PDF文件时，可以通过以下步骤进行权限设置：

打开WPS软件，点击“文件”菜单，选择“导出为PDF”。

在弹出的对话框中，点击“权限设置”按钮。

在“权限设置”窗口中，可以设置文档的安全性，包括是否允许打印、复制、编辑等操作。

设置完成后，点击“确定”按钮保存设置。