目前最好用最干净的PE系统应该是微软自家推广的Windows PE。Windows PE是一款轻量级的预安装环境，不仅具有良好的兼容性和稳定性，而且支持多种语言，可以自定义软件安装。

相比其他的PE系统，Windows PE的兼容性最高，同时在安全性和易用性上也更为出色。此外，Windows PE还支持自动化安装，可用于快速搭建计算机部署环境，便于批量安装和系统备份。总体来说，如果你需要使用PE系统，Windows PE应该是最好的选择。