甲亢申请特殊病种医保的一般步骤如下：

了解特殊病种医保政策：在申请之前，首先需要了解所在地的特殊病种医保政策，包括哪些疾病可以申请，申请条件是什么，需要准备哪些材料等。

准备相关材料：根据政策要求，准备好相关的申请材料。一般来说，需要提供医院的诊断证明、病历资料、相关的检查报告等。

填写申请表格：按照政策要求，填写特殊病种医保申请表格。在填写时，要确保信息的准确性和完整性。

提交申请：将准备好的申请材料和填写好的申请表格提交给所在地的医保管理机构。一般来说，可以通过医院或者社区服务中心等渠道进行提交。

等待审核：提交申请后，需要等待医保管理机构的审核。审核通过后，就可以享受特殊病种医保的相关待遇了。

需要注意的是，不同地区的特殊病种医保政策和申请流程可能会有所不同，具体情况可以向当地的医保管理机构咨询。同时，在申请过程中，要保持耐心和信心，积极配合相关部门的工作。