小型过滤器在培菌过程中，选择合适的滤材至关重要。过滤棉是最常用的物理过滤滤材，其优点在于孔隙较大，有助于透水性和培菌。而白棉作为过滤的首道关口，主要用于过滤食物残饵、鱼的排泄物及其他杂质，虽然也具有培菌效果，但需要经常清洗或更换。培菌滤材是块状的，只需放置在过滤棉上方一层即可，其主要作用是培菌和稳定水质。除此之外，还有其他滤材如生化棉、陶瓷环、玻璃环、细菌屋等，每种滤材都有其特定功能，可以根据水族箱的养殖对象来选择。