重庆灵活就业人员可以通过线上和线下两种方式缴纳职工医保：

线上缴纳方式：

登录重庆市电子税务局，进入“灵活就业人员”模块，选择“社保申报及缴纳”子菜单。

选择“个人社保费”，点击“下一步”。

选择参保信息，点击“下一步”。

选择缴费信息，点击“提交”，选择支付方式并完成支付即可。

线下缴纳方式：

前往当地社保所或办税服务厅缴纳。

通过签订协议的银行自动扣款。

请注意，灵活就业人员医保缴费基数及缴费比例申报需要勾选“灵活就业人员基本医疗保险”和“灵活就业人员大额医疗互助保险”。