三墩和三墩北主要的区别在于地理位置和行政区划上。三墩位于西湖区，是杭州的老城区之一，而三墩北则位于西湖区的最北端，是近年来新开发的区域。此外，三墩北的交通设施比三墩更加完善，拥有地铁、公交等多种交通方式，生活配套设施也相对齐全。