PD16C型数控平面钻床可以通过设定控制系统中的孔深参数来控制孔深。在使用该钻床进行钻孔时，首先需要进行加工程序的编程，设置相关钻孔参数，如孔深、孔径、钻头类型等。

然后，将工件夹在工作台上，启动钻床控制系统，按照预设程序进行自动加工。

在加工过程中，控制系统会检测当前钻头位置和深度，根据预设的孔深参数控制钻头向下移动并停止，从而实现孔深的精准控制。