因为南京地区通向地球内部的断裂构造较发育，当水在地球内热带中沿着裂隙下渗时，由于地热的影响，水温就逐渐升高，每深100米，温度升高3℃。在深达1000米以下时，即可获得较年均温高33℃温度而达50℃以上。南京温泉水的来源乃是大气降水渗入地下深处，经过地热加热后，沿断层裂隙再流出地表而形成的。