三年扣非净利润为负会对公司产生不良影响。

因为扣除非经常性损益后的净利润是反映公司盈利能力的主要指标之一，如果三年扣非净利润为负，说明公司在连续三年内的经营状况都不好，且公司经营能力下降可能导致投资者信心丧失，股价下跌，进而影响公司的融资以及前景等方面；同时，可能会造成公司声誉下降，甚至影响到企业的长期发展。

对于一家三年扣非净利润连续为负的公司来说，其发展前景并不乐观，需要通过多种经营方式改变现状，如调整经营战略，创新产品等等，同时需要加强内部管理，降低成本，提高利润率。

通过找到问题的根源，制订可行的解决方案，进一步调整出发点和目标，从而实现企业的良性发展。