拼多多商家运费基本由商家承担，但也存在扣除商家运费的情况。

根据拼多多的规定，当商家在交易中出现重复退货、买家收换货、质量赔付等情况时，拼多多有权从商家退款中扣除相应的运费。

同时，如果商家使用了拼多多平台提供的营销服务，那么在促销活动期间，商家也需要自行承担部分运费。

需要注意的是，商家的运费扣除应该在交易完成之后进行。

商家可以在拼多多平台上查看自己的账户余额，了解扣除的运费明细。

因此，商家需要在拼多多平台上清晰了解商家运营规则并合理运营，以避免扣除不必要的运费。