有区别，区别在于，肉蔻去籽与不去籽的区别主要在于烹饪效果上。肉蔻本身具有浓郁的香味，去籽可以更好地突出这种香味，因为籽部分可能带有一些异味，去籽后的肉蔻在烹饪时能更好地释放香气，提升菜肴的风味。

然而，如果不去籽，肉蔻的香味可能会受到一定影响，因为籽部分的异味可能会与肉蔻的香味相互干扰。因此，具体是否去籽，需要根据具体的烹饪需求和食材来决定。