您可以通过以下方式将跨省职工医保余额转回户籍地新农合：

1. 前往参保人所参保的医保局受理窗办理，申请医疗保险关系转移，打印出医保转移的凭证，然后拿着医保转移凭证，就可以前往下一个参保地的医保局申请办理医疗保险转移。

2. 通过网上办理医疗保险关系转移，没有必要前往参保人所参保的医保局进行办理，但是这个方式是建立在数据共通的前提下，有些地方并不能允许网上办理。