《时间商人》结局是刘旭和张楠都幸存下来，但刘旭失去了所有的时间，只留下了一缕魂魄。

在所有的冒险和挑战之后，柳川终于回到了自己的时代。他发现世界变得更加美好，人们的生活也变得更加充实。他将自己的时光机交给了当下最有潜力的年轻科学家，希望他们能够以更加负责的态度利用这项技术，推动人类的科学事业进步。而柳川自己，则选择了离开这个世界。在离开之前，他留下了一封信，希望未来的人们能够珍惜自己的时间，并且不要忘记曾经的梦想。