当企业对进项发票进行勾选并确认后，需要先对勾选的发票进行审核，确认发票的真实性和可用性。确认后，方可通过系统进行抵扣操作，将对应的进项税额进行抵扣。在抵扣过程中，需要注意进项发票和销项发票的匹配关系，并确保抵扣金额不超过可抵扣进项税额的上限。此外，还需保证抵扣的发票符合相关法律法规和实际业务操作流程，避免因违规操作而触犯税法。