如果申根签证付款条形码失效后无法删除，可以尝试联系相关机构或银行，询问是否可以取消该付款并重新生成新的付款条形码。同时，应注意避免重复支付，以免造成不必要的损失。另外，在填写申请表时，应仔细核对信息，确保正确无误，以避免出现付款问题。