财政实拨资金与集中支付资金在业务性质、操作流程、系统功能等方面存在明显区别。

1. 业务性质：财政实拨资金属于传统的资金拨付方式，是资金由单位申请，财政直接将资金划拨到单位账户的过程，这体现了较为明显的上下级资金拨付关系。而集中支付业务则体现了明显的契约关系，它通常由预算单位提出申请，经财政相关业务部门审核后，由国库集中支付。

2. 操作流程：财政实拨资金的操作流程是申请、审核、拨款，其中申请主要由单位负责，审核主要由财政部门负责，最终的实拨资金由财政直接划拨。集中支付流程则包括支付申请、审核支付、清算三个环节。

3. 系统功能：在系统功能上，财政实拨更注重手工操作，且系统对单位的日常实拨业务支持较好。而集中支付业务需要处理的业务量较大，系统功能需要更全面地考虑单位、代理银行和财政部门之间的业务处理与信息反馈。

总结来说，财政实拨资金与集中支付资金在业务性质、操作流程、系统功能等方面存在显著差异。对于财政部门来说，集中支付能够更好地管理预算执行，对于单位来说，也需要根据财政部门的通知和要求进行相应的配合工作。