水文机构通常在水利部或相关地方水利行政主管部门的指导下负责工作。它们是在国家行政机关单位的领导下，如部级、厅级、处级、科级等，执行水文勘测、水资源分析评价、水环境监测、水文情报预报等业务工作。

这些机构不仅负责实施水文事业发展规划，还贯彻执行水文行业技术规范和标准，管理水文站网、水文基础设施和水文信息化建设。因此，可以说水文机构在水利行政主管部门的明确指导和支持下，履行其职责，为水资源管理、防洪调度等工作提供科学决策支持。