长圳地铁站是三层的主要原因是为了满足不同的交通需求和功能。地铁一层是进出口和换乘通道，提供了方便的进出站通道和换乘服务。地铁二层是地铁列车运行层，保证了地铁列车的高效运行，同时为乘客提供了便利的出行环境。

地铁三层则是商业和公共设施区域，包括了商铺、餐厅、公共厕所等便民设施，以及一些办公室和服务机构。因此，长圳地铁站的三层设计是为了让乘客在出行中拥有更多的便利、舒适和安全。