特殊食品生产企业由国家卫生健康委员会和各省（自治区、直辖市）卫生健康委员会负责包保，监督和管理其生产的特殊食品。这些特殊食品包括婴幼儿配方食品、保健食品、功能性食品、特殊医学用途配方食品、食品添加剂等。这些部门会对特殊食品生产企业进行监管和检查，确保特殊食品的安全、卫生和合法。同时，提供法律法规和政策和指导以保证食品的安全合法。