南通通州的摩托车报废流程首先需要前往交通管理部门进行办理，提供车辆登记证、行驶证等相关证明材料。经过审核后，交通管理部门会对摩托车进行检测和评估，确定其报废价值。

随后需要缴纳报废手续费用，并进行车辆注销。最后将摩托车交给指定回收单位进行回收处理。整个流程需遵循法律法规，注意办理时的相关规定。