商品不同：卖医疗器械主要指医疗器械、器械耗材、医疗终端等，卖药主要指西药、中成药、中草药等。

市场不同：卖医疗器械主要面向三甲医院、诊所，卖药主要面向药店、社区诊所及其它有资质的地方。

许可证不同：卖医疗器械必须具备医疗器械经营许可证，卖药必须具备药品经营许可证。

价格不同：医疗器械购买价格高于药品。

生产商不同：医疗器械生产商一般位于工业基地，较为散乱，而药品生产厂商多位于政府大力扶持的，发展较完善的医药产业园区。