新农合在三甲医院是可以报销的，新农合在三级省医院门诊补偿：三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。中药发票附上处方每贴限额1元。报销范围：药费：辅助检查：心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费，限额200元；手术费（参照标准，超过1000元的按1000元报销）。