G8高校和C9高校都是各自国家最顶尖的大学组成的联盟，但在学科评价标准、学科门类和一级学科上存在差异。G8高校主要侧重于理工科，而C9高校更注重综合人文社科。此外，C9高校的一级学科门类更广泛，而G8高校在某些学科领域更具优势。