协商调整：根据纳税人的实际经营情况、工商登记的情况以及与主管税务机关的商议，确定双方调整的具体税费项目。
进行资料审核：根据协商的调整方案，双方对调整的资料进行审核，提交财政部审核签批。
数据调整：审核结束后，对相关数据、单子等进行调整，按照调整方案将新的调整数据输入到系统中。
审核核销：系统调整完毕后，税务机关要验证每一项调整是否符合核查标准，确定后再审核核销。
申请补费：税务机关确定的调整后，有可能会补贴各项费用，此时纳税人可以按照相关规定向财政机关申请补贴。
在进行年度汇算清缴管理费用的调整时，企业还需要注意以下方面：
清晰合理的科目选择。企业在调整管理费用时，应根据具体情况的不同，增加或减少相应的科目，如减少管理费用、在建工程/无形资产/存货等科目，或者增加现金、应收账款或存货等科目。
费用结构的优化。企业可以通过优化费用结构来减少管理费用的支出，从而提高企业的经济效益。
填表的正确性和准确性。在填写相关的表格时，如利润表、资产负债表、银行贷款明细表等，企业需要注意填写的正确性和准确性，同时根据自身情况灵活而又规范地掌握事项。
总之，年度汇算清缴管理费用的调整需要企业认真严谨地进行，以确保操作的合法性和准确性。同时，企业还需要注意与主管税务机关的沟通和协调，以便更好地完成汇算清缴工作。