在购买商铺的过程中，一般情况下购房者需要支付一定的首付款项，约定好剩余款项的支付时间。如果在协议中约定了45天后支付，则可以在45天之后再支付剩余款项。但是需要注意的是，剩余款项支付时可能需要支付利息等额外费用。因此在协议中要清楚约定各项费用以及支付时间，避免发生不必要的争议。