南京s3东延线地铁站点共设五个，分别是：江宁大学城北站、禄口机场T3航站楼站、禄口机场T4航站楼站、维也纳国际酒店站和秦淮河站。其中，江宁大学城北站与江宁大学城站距离较远，但是为了满足地铁通勤群体的需求，特别设立。

而禄口机场T3航站楼站和T4航站楼站则是南京市新建最为现代化的机场站点，旨在提高禄口机场的交通便捷性。

维也纳国际酒店站和秦淮河站则是连接城市南北的重要枢纽站点。