灵活就业养老保险缴费是存在社保卡里面的。如果你是首次以灵活就业身份参加社保，那么需要先到选择到社保部门办理养老保险和医疗保险参保登记，选择缴费档次，然后再去税务部门缴费，或者是去缴纳社保费用的银行办理银行签订代缴社保费的协议，并办理借记卡，与银行签订好社保代缴协议后，只需要在指定银行账户中存入足额存款，银行每月定期从账户上按协议约定的缴费档次扣取社会保险费。