不愿意在公司的意愿并不等同于主动离职。是否算主动离职，取决于具体情况和公司的相关规定。一般来说，如果员工没有主动向公司提出离职申请，也没有违反公司的相关规定，那么员工并没有主动离职。

然而，如果员工向公司表达了不愿意在公司工作的意愿，并开始寻找其他工作机会，这可能会被公司视为不忠诚的行为，可能会影响员工在公司的发展和职业前景。

因此，在表达不愿意在公司工作的意愿之前，员工应该仔细考虑自己的职业规划和公司的相关规定，并寻求职业咨询师的意见。