非深户灵活就业个体工商户的社会保险往往按照每年核查的方式进行管理。非深户指的是没有在该城市持有户籍的居民，他们作为个体工商户在经营时需要缴纳社会保险费用，包括养老保险、医疗保险、工伤保险、失业保险和生育保险等。根据相关规定，每年都会有核查机制对非深户个体工商户的社会保险缴纳情况进行审核。

具体的核查方式会因地区和政策而有所不同，但通常是由社保部门根据个体工商户的纳税情况和社保缴纳数据进行比对，核查其社会保险是否按照规定进行缴纳。如果发现有不符合规定的情况，可能会进行处罚或补缴要求。因此，非深户灵活就业个体工商户需要按时缴纳社会保险并保持相关凭证，以应对可能的核查。