如果一个员工在总公司和旗下的多个分公司都工作过，那么他的工龄应该根据不同公司的入职时间来计算。在每个公司的工龄累计到达一定年限后，员工可能会享受到相应的福利和待遇。此外，员工的工资、晋升、年假等方面的待遇也应该根据其在不同公司的工龄来确定。因此，公司在管理员工的工龄问题时，需要统一标准，确保公平、公正、合理。