在法院拍卖工厂设备的情况下，首先应该依法将已有的债权分配优先级，按照优先级逐个清偿。如果房东的合法房租欠缴，通常会排在债权人之后，因为房东的权益在此时不如债权人。

但是也有例外的情况，比如当工厂设备的价值远大于房租欠缴的金额时，法院也有可能先将房租进行清偿。总之，法院会根据具体情况进行判断和处理，确保各方权益得到适当的保障。