公积金扣除是按实发工资扣除的。公积金是根据员工的实际工资收入来计算并进行扣除的，而不是根据应发工资进行扣除。实发工资是员工实际领取的工资，即扣除个人所得税和社保等费用后的实际工资金额，而应发工资是员工应当领取但尚未扣除税费和其他扣除项目的工资金额。因此，公积金的扣除是基于实发工资来进行计算和执行的。