金蝶年初反结账流程如下：首先在“财务管理”模块下选择“反结账管理”，再点击“反结账”按钮，选择需要反结账的会计期间和凭证来源，然后进行反结账操作。

系统会生成反结账凭证并自动调整科目余额和会计科目余额表，反结账后原来的数据和凭证会被锁死，不可更改、删除和查看。同时，要注意在反结账前需要进行备份，避免出现数据丢失的情况。